Идея создания Еврейского университета обсуждалась уже  на конгрессе Ховевей-Цион в Катовицах, а затем на  Первом сионистском конгрессе в Базеле. Идею создания университета также активно поддержал главный раввин Палестины рав Кук.

Однако первый камень был заложен только 24 июля 1918 г. на горе Скопус, при участии видных сионистских деятелей, глав британской власти и представителей арабской общины.

Строительство было завершено в 1925 г., а преподавание началось только в 1928 г.

Среди учредителей университета были крупнейшие еврейские учёные и мыслители — Альберт Эйнштейн, Зигмунд Фрейд, Мартин Бубер.

До 1948 г. преподавание велось на горе Скопус. В 1939 г. году рядом с университетом была открыта университетская больница Хадасса, как часть проекта открытия медицинского факультета.

После Войны за независимость она оказалась израильским анклавом на территории Иордании, и далее продолжать учёбу в этом здании стало невозможно.

Факультеты университета временно расположились в разных зданиях в Иерусалиме, пока в 1953 г. не началось строительство нового кампуса в Гиват Раме. Больница Хадасса и медицинский факультет были открыты заново в 1961 г. в новом кампусе  недалеко от района Эйн Карем.

В 1967 г. после Шестидневной войны учёба возобновилась на горе Скопус, и гуманитарные  факультеты открылись там. Еврейский Университет занимает  высокое место  в рейтинге мировых университетов и считается лучшим университетом Израиля.

Альберт Эйнштейн завещал Еврейскому университету все свои письма и рукописи, а также копирайт на коммерческое использование своего образа и имени