Двенадцать человек, двое из которых были пережившими Холокост,  погибли.  Расстрел «Альталены» остается одним из самых сомнительных эпизодов сионистской истории; его моральный аспект до сих пор вызывает в Израиле споры. Почему же премьер-министр Израиля Давид Бен-Гурион распорядился потопить судно? Он  утверждал, что организация Эцель, чьи сторонники во всем мире собрали погруженное на судно оружие, намеревалась использовать его, чтобы совершить государственный переворот и свергнуть правительство Израиля.

Глава Эцеля Менахем Бегин (впоследствии тоже премьер-министр) находился на судне в тот момент, когда израильские войска открыли по нему огонь. Как только судно начало тонуть, сподвижники усадили его в спасательную шлюпку. Той же ночью, несмотря  на угрозу ареста,  Бегин пробрался на подпольную радиостанцию Эцеля и обратился к своим последователям с призывом не отвечать насилием на акцию Бен-Гуриона. Бегин осознавал, что гражданская война, которая могла бы последовать за этим, была чревата для Израиля гибелью. Он отрицал (и тогда и позднее) наличие намерения совершить государственный переворот, неизменно утверждая, что все, чего он хотел, — это получить 20 процентов оружия, чтобы передать его отрядам Эцеля, сражавшимся в районе Иерусалима.

Нападение на «Альталену» следует рассматривать в контексте усилий Бен-Гуриона, направленных на создание для молодого еврейского государства единой и сплоченной армии. После инцидента с «Альталеной» самостоятельные батальоны, состоявшие из членов Эцеля, придерживавшихся правых взглядов, были расформированы и подчинены общевойсковой дисциплине. Почти одновременно Бен-Гурион предъявил аналогичные требования и левой организации Пальмах. Инцидент с «Альталеной» остается столь спорным, что в «Энциклопедии Юдаика» — одном из самых значительных трудов современной еврейской науки — нет соответствующей статьи, и даже слово «Альталена» не встречается в необычайно подробном указателе этой энциклопедии.