В начале 1948 года, когда полезные функции ЕАК с точки зрения Сталина и Берии были отработаны, началось уничтожение этой организации. В ночь с 12 на 13 января 1948 года Михоэлс был убит на вилле руководителя МГБ Белоруссии Цанавы. Официально было объявлено, что актер попал в аварию. Только после своего ареста Абакумов, заместитель Берии, показал, что именно произошло с великим актером. Несмотря на то, что Михоэлсу были устроены государственные похороны, члены ЕАК уже понимали, что это было убийство, являвшееся первым шагом к уничтожению Комитета.
После создания государства Израиль (май 1948 года) положение еще более обострилось. СССР, проголосовав в ООН 29 ноября 1947 года за раздел Палестины, искренне полагал, что будет образовано социалистическое советское государство. Однако этого не произошло. Более того, с первых дней Израиль установил стратегическое партнерство с США.Тем не менее, многие члены ЕАК Толпа евреев приветствовала первого посла Израиля в СССР Голду Меир (10 сентября 1948 года). Все эти процессы привели к тому, что официальные лица СССР начали подозревать евреев СССР и в частности ЕАК в двойной лояльности, или даже в предательстве.

ЕАК был формально распущен 20 ноября 1948 года, после чего в начале 1949 года большинство его членов было арестовано. Их обвинили в нелояльности советскому строю, буржуазном национализме, космополитизме, желании создать еврейскую республику в Крыму, службе американским интересам.

12 августа 1952 года тринадцать человек, часть которых были крупнейшими еврейскими поэтами и писателями, такие как Ицик Фефер, Лейб Квитко, Перец Маркиш и другие, были расстреляны. Всего погибло 24 члена ЕАК, причем часть из них — во время пыток еще до суда, и еще несколько десятков были отправлены в лагеря и поселения. Илья Эренбург, ожидая ареста, написал письмо Сталину. Ему позвонили из Кремля и сообщили, что его не собирались арестовывать, и что произошла ошибка. Как говорил позднее сам Эренбург, немедленно начались звонки из редакций всех газет, которые не отвечали ему вот уже несколько месяцев, и жизнь писателя вернулась в нормальное русло. Так Эренбург стал одним из немногих членов ЕАК, избежавшим репрессий.

22 ноября 1955 года приговор в отношении членов ЕАК было отменен за отсутствием состава преступления.