Иордания приняла ответные меры против палестинских боевиков, которые превратились в войну между ООП и иорданской армией.

6 сентября Ирак, который уже в 1967 г. разместил войска в Иордании, призвал Иорданию прекратить огонь.

Ирак оставался нейтральным во время конфликта и вывел свои войска из страны до конца 1970 г.

ДФОП пытался взять власть в Иордании, но, чтобы отвлечь внимание от своего намерения, угнав почти одновременно 4 самолета и переправив 3 из них с заложниками в Иорданию. Переговоры об освобождении заложников в обмен на палестинских заключенных привлекали внимание мирового сообщества.

17 сентября ситуация настолько накалилась, что король Хусейн отдал приказ об окончательном разгроме палестинских военных организаций. Иорданская авиация бомбила лагеря палестинских беженцев в Аммане, где скрывались палестинские боевики. Погибло от трёх до пяти тысяч палестинцев. Сирия в поддержку ООП ввела танковые войска в Иорданию, которые были отбиты 22 сентября.

Израиль по просьбе администрации США помог королю Хусейну изгнать сирийцев с территории Иордании, проведя учебную бомбардировку сирийских танковых колонн, тем самым угрожая вмешаться в конфликт палестинцев и иорданских властей. При посредничестве Гамаля Абдель Насера король Хусейн и Ясир Арафат пришли к соглашению.

ООП перенесла свои базы в Ливан (где она позднее спровоцировала такой же конфликт с правительством страны), а Ясир Арафат бежал в Каир.

В результате «событий Чёрного сентября», погибли от 3 до 10 тыс. боевиков и гражданских палестинцев, и около 150 тыс. — были изгнаны из Иордании.