В обстановке растущего государственного антисемитизма в 1946 г. Михоэлсу и Феферу сообщили, что в ЦК ВКП(б) «есть мнение закрыть Еврейский антифашистский комитет», тогда же МГБ забрало архив комитета. Комиссия, вновь проверявшая работу Совинформбюро в сентябре 1946 г., в отчете утверждала, что Еврейский антифашистский комитет «сползает на позиции еврейского национализма и сионизма», став их «идейным пленником», и делала вывод, что сотрудники Еврейского антифашистского комитета «включились в общий оркестр сионистов всего мира». Комиссия предложила распустить Еврейский антифашистский комитет, а газету «Эйникайт» закрыть. 12 октября 1946 г. МГБ представило в ЦК записку «О националистических проявлениях некоторых работников Еврейского антифашистского комитета». М. Суслов, глава отдела внешней политики ЦК, написал письмо Сталину с предложением закрыть Еврейский антифашистский комитет. В декабре 1946 г. Феферу и Михоэлсу было предложено подготовить проект обращения к зарубежным еврейским организациям по поводу закрытия Еврейского антифашистского комитета.

В то же время Сталин считал, что еще не время начинать широкую антиеврейскую кампанию,  он хотел использовать борьбу евреев Палестины против Великобритании, превратив будущее еврейское государство в проводник своего влияния. Поэтому Сталин решил пока не закрывать Еврейский антифашистский комитет; 2 февраля 1947 г. комитету вернули его архив. В телефонном разговоре Суслов сказал Феферу, что Еврейский антифашистский комитет будет продолжать работать. В мае 1947 заведующий сектором общественных организаций отдела внешней политики ЦК Г. Шумейко похвалил пропагандистскую деятельность Еврейского антифашистского комитета.

17 сентября 1948 г. был арестован член президиума Еврейского антифашистского комитета Гофштейн. На страницах газеты «Эйникайт» начали появляться статьи, полные заверений в любви советских евреев «к своей Родине — Советскому Союзу». Заместитель ответственного секретаря Еврейского антифашистского комитета Г. Хейфец (1899–1958) продолжал отправлять в ЦК доклады о положении в Израиле, последний доклад был отправлен 20 ноября 1948 г. Именно в этот день Политбюро утвердило решение Совета министров о немедленном роспуске Еврейского антифашистского комитета. 21 ноября в помещении Еврейского антифашистского комитета провели обыск, и оно было опечатано; в тот же день закрыли газету «Эйникайт».