15 октября 1894 г. Дрейфус был арестован и предан военному суду по ложному обвинению в государственной измене. Дело Дрейфуса разбиралось на закрытых заседаниях, доказательства обвинения не были тщательно проверены, однако клерикальная и реакционная пресса ежедневно публиковала «достоверные» сведения о преступлениях единственного офицера-еврея в штабе, распустив даже слух, что он уже давно признал свою вину. Военное министерство оказывало давление на суд.

22 декабря 1894 г. суд единогласно признал Дрейфуса виновным в шпионаже и государственной измене и приговорил его к лишению чинов и званий и пожизненной ссылке. 5 января 1895 г. на Марсовом поле в Париже Дрейфус был подвергнут унизительной процедуре разжалования, во время которой непрерывно восклицал: «Я невиновен!». Дрейфус был сослан на Чертов остров, расположенный у северо-восточного побережья Южной Америки.  Он был помилован в 1900 г., и смог вернуться во Францию благодаря неустанной борьбе за раскрытие истины, которую вели писатель Бернар Лазар, социалист Жан Жорес, писатель Эмиль Золя.  Только спустя шесть лет состоялось новое судебное рассмотрение, и Верховный апелляционный суд оправдал Дрейфуса, который был даже повышен в звании и награжден орденом.

Дело Дрейфуса было одним из краеугольных камней, приведших Т. Герцля к сионизму.