Шауль Черниховский родился на окраине Российской империи  в селе Михайловка Мелитопольского уезда Таврической губернии в еврейской семье. Его родители были образованными людьми и стремились дать сыну достойное образование.

Шауль Черниховский был по современным понятиям ребенок-вундеркинд. Во-первых, он был полиглотом. В семье говорили на идиш. Первый язык, который выучил маленький Шауль был русский. Ему было всего пять лет. А в 7 лет он уже начал изучать иврит, который впоследствии стал главным языком его творчества. Вскоре он так хорошо овладел ивритом, что переводил с русского на иврит тексты из хрестоматии Ушинского «Родное слово».

Интересно, что в начальных классах Шауль училса в школе для девочек, поскольку в Михайловке она была единственной на русском языке.

В 12 лет Черниховский написал героическую поэму на библейские темы. Гимназистом переводил на иврит Пушкина. В 15 лет продолжил образование в Одессе в еврейском коммерческом училище, где начал изучать европейские языки.

Очень скоро Черниховский добился больших успехов. Он читал в оригинале на немецком Гёте и Гейне, на французском – Андре Шенье и Альфреда де Мюссе, на английском — Шекспира, Байрона, Бернса, Лонгфелло. Позже, выучив итальянский, читал «Божественную комедию» Данте.

Готовясь к поступлению на медицинский факультет университета, Шауль Черниховский выучил латынь и греческий. Но в университет его не приняли – в российских университетах существовала квота на студентов-евреев, и он  в нее не попал.

Тогда Шауль отправился в Германию и поступил в Гейдельбергский университет. Затем он продолжил образование в Лозанне и, получив диплом врача, вернулся в Россию.

В России Черниховский работал врачом в Мелитополе, в Харьковской губернии. В 1910 году переехал в Петербург.

Когда началась Первая мировая война, он был призван в царскую армию в качестве военного врача, работал в госпитале. После войны вернулся в Одессу, занимался частной медицинской практикой.

И всё же главное место в жизни Черниховского было отведено поэзии. Характерно, что, несмотря на знание множества языков, свои литературные произведения Черниховский создавал только на иврите. Несомненно, одной из причин, побудивших его писать на иврите, стала идея национального возрождения, сионизм, мечта о будущем национальном очаге еврейского народа.

В 1922 году группа писателей-гебраистов (то есть, пишущих на иврите), в которую входили Бялик и Черниховский, уехали из Одессы, эмигрировав с разрешения советского правительства.

В получении этого разрешения большую роль сыграли Горький и Луначарский. Оба они очень сожалели, что обстоятельства складывались для этих поэтов так неблагополучно, и что им, в сущности, было нечего делать в России.

Конечно, Черниховский мог продолжать заниматься врачебной практикой, но и Горький, и Луначарский понимали, что он был выдающимся поэтом, и надо выпустить его на свободу.

Черниховский поселился в Берлине. К тому времени относится портрет писателя работы художника Леонида Пастернака.

Несмотря на свою тягу к мировой культуре, Черниховский был настоящим сионистом и всей душой стремился в Эрец-Исраэль. Впервые он побывал на Земле Обетованной в 1925 году. Он намеревался создать в еврейском ишуве службу Скорой помощи (Маген Давид Адом), но его идея была отвергнута – руководство ишува посчитало, что в тот момент были более важные проблемы.

Черниховский вернулся в Германию, потом некоторое время жил в Швеции, затем снова в Германии.

В 1928 году он несколько месяцев прожил в США, где был с восторгом принят еврейской общиной, поддержавшей его не только морально, но и материально.

В 1931 году Черниховский снова приехал в Эрец-Исраэль. На этот раз он получил приглашение завершить работу над словарем медицинских и естественнонаучных терминов (латынь-иврит-английский), с которой он успешно справился.

Он жил в Тель-Авиве, работал врачом в школе и продолжал писать стихи и переводить знаменитые литературные произведения на иврит. Именно Черниховский впервые перевел на иврит «Илиаду» и «Одиссею» Гомера, а также «Слово о полку Игореве».

В Тель-Авиве он жил и работал в доме номер 89 по улице Ахад ха-Ам, где теперь висит мемориальная доска в его честь.

Последние годы жизни Шауль Черниховский жил в Иерусалиме. Он долго тяжело болел и скончался 14 октября 1943 года. Его литературное наследие насчитывает несколько томов изданных произведений.

С осени 2014 года портрет Шауля Черниховского печатается на израильских купюрах достоинством 50 шекелей.

Именем Черниховского названы улицы и школы во многих городах Израиля, Дом писателя в Тель-Авиве и другие учреждения.