Его родители переехали  из Бонна  в Кельн, и до 14 лет Гесс жил у своего деда, коммерсанта, знатока Торы, который воспитал его в духе ортодоксальных еврейских традиций. В 1837—1839 гг. он изучал философию в Боннсколм университете, с конца 1841 г. Гесс стал одним из редакторов «Рейнской Газеты» .

После смерти отца в 1851 году Мозес Гесс унаследовал состояние, обеспечившее ему экономическую независимость. В качестве журналиста Гесс много путешествовал по Бельгии и в 1845 году примкнул там к коммунистическому движению. Во время революции 1848 года в Германии, Гесс был вынужден бежать из страны и, после странствований по Европе, поселился в 1853 в Париже, занимаясь главным образом публицистикой.

В 1861—1863 гг. Мозес Гесс жил в Германии, где опубликовал свою самую известную работу «Рим и Иерусалим: исследование еврейского национализма», представляющую собой классическую теорию сионизма.

В конце 1863 года Гесс вернулся в Париж, наладил сотрудничество с еврейскими и другими издательствами. Он также был парижским корреспондентом ряда социалистических газет США и Германии. Когда началась Франко-прусская война, Мозес Гесс, как подданный Пруссии, был изгнан из Франции. Он поехал в Бельгию, но после войны вернулся в Париж и начал новую философскую работу. Однако смерть оборвала её.

В соответствии с последней волей Гесса, он был похоронен на еврейском кладбище в Дейце близ Кельна. В 1961 году останки Мозеса Гесса были перевезены в Израиль и покоятся на кладбище у озера Киннерет.  Именем Гесса назван мошав Кфар-Гесс и улицы в нескольких израильских городах. Идеи Гесса оказали влияние на таких сионистских лидеров, как  Ахад-Ха-Ам и теодор Герцль.